2000 – Cansados de esperar por uma definição com relação ao prosseguimento das obras, o Novo Horizonte reconstrói a parte demolida do estádio, além de uma sede administrativa e acomodações para os departamentos técnicos, imprensa e alojamento para atletas. 2001 – Com muita ansiedade e alegria, o Novo Horizonte volta a disputar o campeonato Goiano. O direito do clube em disputar a Primeira Divisão foi reconhecido pela Federação Goiana de Futebol, pois o clube estava licenciado e não era culpado pela situação do estádio. A campanha deste ano foi novamente razoável, um 7º lugar, mas a empolgação pelo retorno já antecipava a sensação de que o clube teria muitas glórias por vir.
2002 – Com um trabalho sério e bem planejado, novamente sob o comando de Nivaldo Lancuna, o Novo Horizonte mostrou força e chegou com méritos à final do campeonato contra o Goiás. Neste campeonato, o clube não pôde disputar as partidas da final em casa, pois o regulamento não permitia que a final fosse disputada em um estádio com capacidade de público menor que 15.000 torcedores. Mesmo assim, o vice-campeonato goiano levou Ipameri e o Novo Horizonte a um lugar de destaque no cenário goiano e até nacional. O clube disputou também em 2002, a Terceira Divisão do Campeonato Brasileiro, onde chegou à segunda fase.
2003 – Desta vez sob o comando do técnico Marcius Fleury, o Novo Horizonte reforçou a base da mesma equipe de 2002. Era uma equipe muito temida pelos adversários e chegou com brilhantismo à final do campeonato, onde perdeu somente nas cobranças de pênaltis.
2004 – Faz campanha razoável no Campeonato Goiano, terminando em 8° na classificação geral, empatado em pontos com o Goiatuba (19), ficando à frente no número de vitórias (6 contra 4).
2005 – Pede licença da disputa do campeonato goiano da primeira divisão, sendo automaticamente rebaixado à segunda divisão.
2007 – Disputa a segunda divisão do Goiano, sendo campeão da mesma.
2010 – Depois de uma campanha fraca na Segunda Divisão goiana, o Fantasma (que chegou a escalar um jogador suspenso) viu o seu pior momento desde o afastamento das competições, com a queda para a Terceira Divisão estadual.
2013 – Após 3 anos inativo, o Novo Horizonte volta na disputa da Terceira Divisão, faz bela campanha e volta a Divisão de Acesso (Segunda Divisão) do Campeonato Goiano
2016 – Neste ano, o Novo Horizonte faz uma campanha boa mas acaba sendo eliminado para o Iporá nas semifinais com a derrota de 1-0 em casa e o empate de 1-1 fora, ficando com o 3° lugar. 2017 – Joga novamente a Divisão de Acesso (Segunda Divisão) do Campeonato Goiano. O time começou o campeonato muito bem, sendo líder de seu grupo nas duas primeiras rodadas, mas o time vacila com empates. Com isso, ficou em 3° lugar do grupo B sendo que só classificariam duas equipes, cujas são de Anápolis (Anapolina e Grêmio Anápolis). Com incríveis 9 pontos fora de casa, teve um dos melhores aproveitamentos como visitante. Na última rodada, o Fantasma precisava ganhar do Grêmio em Anápolis, mas só empata em 3-3 após ficar 2 vezes na frente do time da casa, ficando somente no 5° lugar do campeonato. 2018 – Sob o comando do treinador Luan Carlos, o Novo Horizonte consegue o acesso para a Primeira Divisão do Campeonato Goiano após 10 anos, ficando com o vice-campeonato com apenas uma derrota no campeonato, tendo o melhor ataque e a terceira melhor defesa.
2019 – De volta à primeira divisão, o clube obtém apenas uma vitória, 3 empates e 8 derrotas no Grupo B, sob o comando de 3 técnicos durante a campanha (Silmar Simão, Coutinho e Wladimir Araújo), sendo rebaixado com o pior desempenho no geral.
2020 – Em decorrência da pandemia de COVID-19, o Novo Horizonte opta em não disputar a Divisão de Acesso juntamente com Aparecida, Goiatuba e Morrinhos, não sofrendo nenhuma punição.
2021 - Desiste de disputar a Divisão de Acesso de 2021, sendo rebaixado diretamente para a Terceira Divisão.
